El Alto Ara, debido a su altitud, presenta un clima de tipo alpino, con precipitaciones anuales que superan los 1000 mm (1424 mm en Torla-Ordesa y de 1600 mm en Linás de Broto) y que caen de forma mas o menos abundante a lo largo de todo el año, con claros mínimos a finales del invierno y del verano, aunque las tormentas estivales pueden llegar a provocar lluvias localmente torrenciales. Las precipitacioneies más importantes sin embargo tienen lugar en otoño (estación durante la cual no son infrecuentes en el Pirineo situaciones de «gota fría», con lluvias intensas y localizadas que a menudo superan los 150 mm en pocas horas), y sobre todo en primavera (146 mm de media en mayo en la localidad de Torla-Ordesa), época en la que al coincidir con el deshielo de la nieve dan lugar a grandes crecidas en los ríos conocidos como mayencos. En las zonas altas de las montañas las precipitaciones suelen rebasar los 2000 mm, incluso los años mas secos, cayendo principalmente en forma de copiosas nevadas.

Respecto a la temperatura, es de uno 10º C de media anual en Torla-Ordesa que se corresponden con unos veranos frescos (entre los 16 y 29ºC de media en julio), dependiendo de la zona, y unos inviernos fríos (entorno a los 2ºC de media en enero), con frecuentes heladas que, por encima de los 1600-1700 m. de altitud pueden llegar a darse de forma prácticamente continuada entre noviembre y marzo